Domanda:
Quali strumenti consentono un rapido confronto dell'output NetCDF dai modelli oceanici?
ZZZ
2014-04-16 22:39:04 UTC
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Sto scrivendo i miei script MATLAB per eseguire la maggior parte della visualizzazione e dell'analisi dei dati dei risultati del modello. Mi chiedo se esista un modo più rapido per il confronto visivo dei risultati della simulazione ottenuti da diversi sistemi di modellazione oceanica. Esiste un pacchetto software (preferibilmente gratuito) che funziona direttamente con l'output del modello NetCDF conforme a CF ( Climate and Forecast Metadata Conventions) o è sempre richiesta una codifica?

@bhf ah, grazie. Sembra che forse questa sia una cosa specifica della scienza del clima al momento, anche se se potesse diffondersi in altre aree della scienza oceanica e atmosferica potrebbe essere solo una buona cosa ...
Si prega di non fare domande su acquisti / consigli qui. Prova [softwarerecs.se]
Non sono d'accordo sul fatto che questo sia uno per Raccomandazioni software - la domanda generale non è tanto "quale software dovrei usare" quanto "Qual è un modo semplice e veloce per confrontare questi set di dati oceanografici". Penso che se la domanda fosse modificata per cambiare l'enfasi in quanto tale, sarebbe abbastanza chiaramente valida qui. * Potrebbe * essere un po 'ampio, ma penso che potrebbe essere risolto con un piccolo editing - forse un esempio del problema da risolvere.
Sette risposte:
#1
+19
BHF
2014-04-22 10:33:01 UTC
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Per un confronto visivo molto rapido, utilizzerei Cube Browser o ncview insieme a uno strumento a riga di comando come Climate Data Operators. Per una rapida produzione di grafica (e animazioni) di bell'aspetto, Panoply fa davvero un buon lavoro. Per ulteriori analisi o grafici speciali, continua a seguire il tuo approccio e lo script con cose come MATLAB, Python (ad esempio con Iris), IDL, R, ncl o qualsiasi altra cosa stiano utilizzando le persone intorno a te.

#2
+17
Deditos
2014-04-17 02:55:37 UTC
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Gli autori di netCDF, UNIDATA, mantengono un elenco piuttosto ampio di software di visualizzazione sul sito web di netCDF. Menziona persino un componente aggiuntivo di Excel, presumibilmente per masochisti.

Nel corso degli anni, ho trovato Ferret affidabile con file conformi a CF (e non conformi quelli, del resto) e utili per sguardi rapidi interattivi e semplici manipolazioni. Comprende, ad esempio, il formato ora UDUNITS consigliato da CF e applicherà automaticamente gli attributi scale_factor e add_offset alle variabili. È certamente più veloce ottenere qualcosa sullo schermo rispetto al percorso Python / R / Matlab che di solito prendo per grafici di qualità di presentazione e pubblicazione.

Se stai cercando un visualizzatore più simile a una GUI, allora ho ho sentito parlare bene di Panoply, anche se devo ammettere di non averlo mai usato io stesso.

Grazie per aver indicato l'elenco dei software. Ho scoperto che [ncBrowse] (http://www.epic.noaa.gov/java/ncBrowse/) ha l'interfaccia punta e clicca più semplice tra quelle che ho provato.
#3
+12
milancurcic
2014-04-23 08:52:59 UTC
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Secondo ncview per dare una rapida occhiata ai file NetCDF.

Suggerirei anche di provare Integrated Data Viewer (IDV) di Unidata. È ottimo per la sovrapposizione di campi geofisici in 3-D da diverse fonti. Oltre a NetCDF, supporta molti altri formati. Inoltre viene fornito con un elenco precaricato di vari repository di dati di osservazione e modello tramite THREDDS e OpenDAP. IDV consente anche di definire funzioni e operazioni tra campi su griglie o proiezioni diverse. Nota che IDV non va bene per un'analisi seria secondo me, ma è più adatto per esplorare visivamente i set di dati.

#4
+11
Matteo De Felice
2014-04-22 12:29:33 UTC
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Normalmente utilizzo i seguenti software per una rapida visualizzazione dei miei file NetCDF:

  1. NASA Panoply ( Panoply netCDF, HDF e GRIB Data Viewer): basato su java , molto bravo nell'apertura di HDF, NetCDF, GRIB ...
  2. CDO funziona come ombreggiato, contour, ecc. (molto semplice ma utile dalla riga di comando)
  3. MATLAB e R con le loro funzioni di base
#5
+11
ivica
2014-04-23 12:04:40 UTC
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Solo per aggiungere il mio punto di vista;

  1. Usando ncks puoi fare molte cose, cioè differenziare, getratio, estrarre alcune variabili, affettare sulla dimensione ecc.
  2. Se vuoi fare alcune operazioni binarie su I file netcdf considerano ncbo. Per file di grandi dimensioni preferisco ridurre ciò che voglio in primo luogo, funziona anche da remoto.
  3. Hate Matlab, quindi sono passato a NCL (NCAR) che è semplice e ha molti script già preparati per la maggior parte dei modelli comuni. Non c'è bisogno di dire che sta producendo cifre sulla qualità della pubblicazione;)
  4. C'è parte della libreria per python (pyNGL), la stessa sintassi quindi una volta che si ha familiarità con ncl è facile usarlo anche in python, il supporto per altri formati come grib, hdf, ...
#6
+6
arkaia
2015-01-27 02:30:16 UTC
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Utilizzando Matlab, puoi eseguire ncgeodataset ( http://code.google.com/p/nctoolbox/wiki/ncgeodataset) per sottocampionare netcdf senza dover scaricare grandi set di dati.

Ad esempio,

  nc = ncgeodataset ('http://thredds.jpl.nasa.gov/thredds/dodsC/ncml_aggregation/OceanTemperature/ghrsst/aggregate__ghrsst_JPL_OUROCEAN-L4UHfnd -GLOB-G1SST_OI.ncml '); gvar = nc.geovariable ('analysed_sst'); s.time = {'20-May-2012', '24 -May-2012 '}; s.lat = [40 41,5]; s.lon = [0 2,0]; sub = gvar.geosubset (s); % Subset metodo pcolor (sub.grid.lon, sub.grid.lat, double (squeeze (sub.data (1,:,:))) - 273.15);  
#7
+4
Neo
2014-04-16 22:47:52 UTC
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Anche se non conosco le specifiche della modellazione oceanica, a meno che non esista uno "standard" in cui i nodi sono organizzati e scritti (cioè X, Y, Z), sarà sempre richiesta la codifica. Inoltre, il modo in cui viene scritto un file di dati dipende sempre da come le attività nel modello vengono delegate al processore: il modello è progettato per essere eseguito su un PC personale o su un Beowulf Cluster?

Potresti essere in grado di usare qualcosa come OpenDx, per confrontare i risultati della modellazione degli oceani, anche se penso ancora che un rapido script Python sarebbe per formattare correttamente tutti i tipi di dati .

Immagino che netcdf aspiri a essere quello standard ... ma sembra ancora avere un'accettazione limitata tra i fornitori di software.
@SimonW, Penso che sia CF che aspira a essere lo standard dei metadati per le variabili di scienze della Terra. NetCDF è più un formato contenitore indipendente dal contenuto.
@defitos non proprio agnostico, dal momento che suggeriscono di utilizzare CF


Questa domanda e risposta è stata tradotta automaticamente dalla lingua inglese. Il contenuto originale è disponibile su stackexchange, che ringraziamo per la licenza cc by-sa 3.0 con cui è distribuito.
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